Από το 1928 και μετά, τα 17 τζαμιά που υπήρχαν στα Γιάννενα άρχισαν να εξαφανίζονται. Μερικά από αυτά βρίσκονταν, ομολογουμένως, σε ερειπιώδη κατάσταση. Τα περισσότερα κατεδαφίστηκαν και στη θέση τους προέκυψαν δημόσια κτίρια και πλατείες
Ο φωτογράφος Απόστολος Βερτόδουλος κατέγραψε με τον φακό του την κατεδάφιση του τζαμιού Οσμάν Τσιαούς, και συγκεκριμένα του μιναρέ, με εκρηκτικά, τον Σεπτέμβριο του 1930. Είναι μια από τις πιο σημαντικές φωτογραφίες που αφορούν την ιστορία της πόλης των Ιωαννίνων.
Στη θέση του τζαμιού αυτού ανεγέρθηκε η Ζωσιμαία Παιδαγωγική Ακαδημία.
Τα τέσσερα τζαμιά που υπάρχουν σήμερα, σώθηκαν χάρη κυρίως στις προσπάθειες ανθρώπων των αρχαιολογικών υπηρεσιών και σε κάποιες συγκυρίες (π.χ. παρουσία του Στρατού στο Ιτς Καλέ). Ένα προοδευτικό κομμάτι δε της τότε τοπικής κοινωνίας ζητούσε τη διατήρηση των τζαμιών.
Οι συζητήσεις για την εξαφάνιση των τζαμιών δεν ξεκίνησαν με την απελευθέρωση της πόλης το 1913, αλλά το 1923, όταν και βρισκόταν σε εξέλιξη η διαδικασία της ανταλλαγής πληθυσμών.
Σημαντικές προσωπικότητες έδιναν έμφαση στη διατήρηση τουλάχιστον των πιο σημαντικών τζαμιών, προτάσσοντας την ιστορική και αρχιτεκτονική τους αξία, όπως το Ασλάν τζαμί, το Φετιχιέ τζαμί και το Μπαϊρακλή τζαμί, το οποίο τελικά κατεδαφίστηκε.
Τελικά απέμειναν τα τέσσερα γνωστά τζαμιά: Ασλάν, στο οποίο από το 1930 δόθηκε η χρήση του Δημοτικού Μουσείου Ιωαννίνων, Φετιχιέ, Βελή και της Καλούτσιανης.
Παρόλα αυτά, δεν έλειψαν μέσα στην πάροδο των χρόνων οι φωνές διαμαρτυρίες για την παρουσία των οθωμανικών αυτών κτιρίων.
Η πιο σημαντική φωνή διαμαρτυρίας καταγράφηκε το 1975, όταν ο τότε νομάρχης Ιωαννίνων Νικόλαος Χανός με απόρρητο έγγραφό του προς το υπουργείο Πολιτισμού ζήτησε την κατεδάφιση των μιναρέδων μέχρι τον εξώστη. Πρότεινε δε στη θέση τους να τοποθετηθούν «γλυπτά εντόνου τοπικής σημασίας, όπως π.χ. βους, σύμβολον της Ηπειρωτικής ισχύος, ή ο Δικέφαλος Αετός, έμβλημα του Βυζαντινού Ελληνισμού». Σε κείμενό του, στην «Εφημερίδα για την Ήπειρο», το 1995, ο δικηγόρος Γιάννης Παπαδημητρίου κάνοντας αναφορά στην παρέμβαση Χανού, επισημαίνει ότι αυτή «συμπυκνώνει με τον καλύτερο τρόπο την ιδεολογική αντιμετώπιση των μνημείων και το άγχος μπροστά στην ανάμνηση του μουσουλμανικού παρελθόντος της πόλης» (σ.σ. χάρη στο κείμενο αυτό, ο κ. Παπαδημητρίου τιμήθηκε με το βραβείο ελληνοτουρκικής φιλίας και ειρήνης Απντί Ιπεκτσί).
Έχει ιδιαίτερη σημασία ότι με το έγγραφο Χανού, είχε διαφωνήσει και σύσσωμο το Δημοτικό Συμβούλιο, με δήμαρχο τον Κώστα Μπέγκα. Σε συνεδρίασή του, το καλοκαίρι του 1975, ο πρόεδρος του Δημοτικού Συμβουλίου Ευστάθιος Παπαβρανούσης έκανε λόγο για μια «ατυχή πρόταση» του νομάρχη. «Την ύπαρξη των τζαμιών πρέπει να τη βλέπουμε από τη σκοπιά του πολιτισμού και του πνευματικού ανθρώπου που σέβεται κάθε μνημείο της κάθε ιστορικής εποχής, χωρίς μισαλλοδοξίες και άσχετα με συναισθήματα και πρόσκαιρες εχθρότητες.
Η σημερινή εχθρική στάση των Τούρκων δεν μπορεί να μας επηρεάσει στο να στρέψουμε το μένος μας εναντίον αρχιτεκτονικών μνημείων του παρελθόντος […]. Αλλά και από θρησκευτική σκοπιά, αν δούμε το θέμα, ένα τζαμί δεν είναι σύμβολο του τουρκισμού μόνο αλλά γενικότερα του μωαμεθανισμού. Η καταστροφή ενός τζαμιού με κριτήρια εκδίκησης και μισαλλοδοξίας θα έθιγε όχι μόνο τους Τούρκους που σήμερα πρόσκαιρα ας το ελπίσουμε μας φέρονται εχθρικά αλλά πολύ γενικότερα τους μουσουλμάνους των αραβικών χωρών που η φιλία τους μας είναι πολύτιμη» ανέφερε ο πρόεδρος.
Σαφέστατη ήταν και η θέση του επικεφαλής της αντιπολίτευσης Κωνσταντίνου Φρόντζου: «Δεν δύναται να λάβη χώραν καθαίρεσις ανεξαρτήτως του αν διερχόμεθα πονηράς και επικίνδυνας από εθνικής πλευράς καταστάσεις… Πέραν τούτου, είναι ιστορικώς διατηρητέα μνημεία και δεν δυνάμεθα ούτε έναν λίθον να μετακινήσωμεν ή προωθήσωμεν».
Σήμερα, τα τζαμιά και τα υπόλοιπα οθωμανικά κτίρια της πόλης, τα οποία προστατεύονται έτσι κι αλλιώς από τη νομοθεσία, είναι αποδεκτά ως μνημεία πολιτιστικής κληρονομιάς, με τις τοπικές αρχές να τα εντάσσουν σε πολιτιστικές (και τουριστικές) διαδρομές. Την τελευταία δεκαετία ιδίως, αν και με καθυστέρηση, άρχισαν να δέχονται και μεγαλύτερη φροντίδα από την πολιτεία.