To Koυκούλι είναι ένα από τα μικρά χωριά του Κεντρικού Ζαγορίου, με μια διαδρομή αιώνων, από τον 13ο αιώνα. Όπως και τα περισσότερα χωριά της περιοχής, γνώρισε ιδιαίτερη άνθηση κατά τον 18ο και 19ο αιώνα. Δείγματα της εποχής εκείνης τα αρχοντόσπιτα και τα δημόσια κτίσματα, όπως οι τρεις βρύσες ή το παλαιό σχολείο.
Για την ονομασία του χωριού, ο γλωσσολόγος Κώστας Ευ. Οικονόμου στο βιβλίο του «Τα Οικωνύμια του Νομού Ιωαννίνων-Γλωσσολογική Εξέταση» (Ιωάννινα, 2002) γράφει: «Το τοπωνύμιο προέρχεται από το ουσιαστικό κουκούλι, το με τη γνωστή σημασία στο Ζαγόρι ‘βράχος, πέτρα’, λέξη που σχηματίστηκε ως υποκοριστικό του ουσιαστικού ‘κουκούλα’».
Ο Οικονόμου παραβάλλει και την αρωμανική λέξη cucul’ iu που σημαίνει «θύσσανος//κορυφή//κουκούλα».
Από το Κουκούλι καταγόταν ο Μάνθος Οικονόμου, ο οποίος είχε θέση υπουργού δίπλα στον Αλή Πασά. Στο χωριό, το 1820, ιδρύθηκε η Κεντρική Σχολή Ζαγορίου, όπου δίδαξε ο Αναστάσιος Σακελλάριος.
Ένας από τους ευεργέτες του χωριού ήταν ο Ευγένιος Πλακίδας (η οικογένεια Πλακίδα είχε μεγάλη κτηματική περιουσία στη Βεσσαραβία –το μεγαλύτερο μέρος της είναι η σημερινή Μολδαβία), ο οποίος κατοικούσε στο Κουκούλι μέχρι τα τέλη του 19ου αιώνα, όταν και μετακόμισε στα Γιάννενα.
Αιτία της μετακόμισης μια ληστεία. Το καλοκαίρι του 1891, μια συμμορία ληστών μπήκε στο πατρικό αρχοντικό της οικογένειας Πλακίδα. Εκείνη την ημέρα, στο αρχοντικό βρίσκονταν ο Ανδρέας Πλακίδας, η κόρη του Αλεξάνδρα με τα παιδιά της και η σύζυγος του Ευγένιου Πλακίδα, η Ευγενία. Οι ληστές αιχμαλώ
τισαν αρχικά τις δύο γυναίκες. Ωστόσο, τη θέση της Αλεξάνδρας πήρε τελικά ο μεγάλος της γιος, ο Περικλής. Με τους δύο ομήρους, οι ληστές κατέφυγαν στα βουνά, ζητώντας λύτρα 5000 χρυσές λίρες. Μετά από διαπραγματεύσεις, συμβιβάστηκαν με 3000 χρυσές λίρες και οι όμηροι αφέθηκαν ελεύθεροι.
Το αρχοντικό Πλακίδα, στο οποίο τα τελευταία χρόνια έγιναν κάποιες αναστηλωτικές εργασίες, είναι ένα από τα γνωστά και πιο σημαντικά αρχοντικά του Ζαγορίου. Το 2004, οι υπηρεσίες του υπουργείου Πολιτισμού προχώρησαν στην αποτοίχιση τοιχογραφιών του αρχοντικού, προκειμένου αυτές να διασωθούν. Πρόκειται για τοιχογραφίες με πλούσια θεματογραφία από φυτικά διακοσμητικά, οι οποίες φυλάσσονται στο αρχοντικό Μίσσιου στα Γιάννενα, στην έδρα της Υπηρεσίας Νεωτέρων Μνημείων.
Τέλος, ένα από τα πρόσωπα που άφησαν το στίγμα τους στο Κουκούλι κατά τον 20ο αιώνα ήταν ο Κώστας Λαζαρίδης (1904-1989), δάσκαλος, ιστοριοδίφης, λαογράφος και βοτανοσυλλέκτης.
Διαβάστε: Ο άνθρωπος που αγαπούσε τα φυτά