Η Μόλιστα αποτελεί ένα από τα πέτρινα, καλύτερα διατηρημένα χωριά της Κόνιτσας, που κάποτε είχε πολλούς μαστόρους της πέτρας.
Κατά τον 19ο αιώνα, αποτελούνταν από τρεις οικισμούς: το Γανναδιό, το Μποτσιφάρι και τη Μεσαριά, με ενιαία κτηματική περιουσία. Τα ενωμένα αυτά χωριά, που αποτελούσαν τη Μόλιστα, έγιναν τρεις ξεχωριστές κοινότητες το 1926: το Γανναδιό, το Μοναστήρι (πρώην Μποτσιφάρι) και η Μεσαριά.
Νωρίτερα, το 1919, η Μεσαριά είχε μετονομαστεί σε Μόλιστα. Το τοπωνύμιο «Μόλιστα» μνημονεύεται σε έγγραφα του 16ου αιώνα. Ωστόσο, οι ερευνητές εκτιμούν ότι το τοπωνύμιο αυτό ήταν γενικό της περιοχής και δεν αποτελούσε την αρχική ονομασία ενός από τους τρεις οικισμούς.
Αναφέρεται επίσης ότι υπήρχε σε κοντινή θέση άλλο χωριό το οποίο διαλύθηκε από επιδημία ευλογιάς. Οι κάτοικοι του χωριού αυτού ίδρυσαν, στη συνέχεια τους τρεις οικισμούς.
Ο λόγιος και ιστοριοδίφης του 19ου αιώνα Ιωάννης Λαμπρίδης έχει γράψει ότι «εις Μόλισταν» κατέφυγαν κάποιοι κάτοικοι του Σκαμνελίου (στο Ανατολικό Ζαγόρι) λόγω επιδρομών.
Όσον αφορά την προέλευση της ονομασίας «Μόλιστα», υπάρχουν διάφορες εκδοχές. Μία από αυτές θέλει το τοπωνύμιο να προέρχεται από τη φυλή των Μολοσσών. Κάτι που δεν έχει στοιχειοθετηθεί.
Ο καθηγητής γλωσσολογίας του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων Κώστας Ευ. Οικονόμου στη μελέτη του («Τα οικωνύμια του νομού Ιωαννίνων-Γλωσσολογική εξέταση») αναφέρει δύο εκδοχές. 1η: το τοπωνύμιο μπορεί να θεωρηθεί ότι προέρχεται από αλβανική λέξη που σημαίνει «μηλιά, μήλο» και τη σλάβικη κατάληξη –ιστα. Παραπέμπει δε και σε μια νεότερη αναφορά: «… Ακόμη και αυτό το ‘μολιστινό κρασί’ κατάντησε ακριβοθώρητο, ενώ τα μήλα, σε μεγάλες ποσότητες, μένουν αδιάθετα γιατί κανένας δεν το βλέπει συμφέρον να τα εμπορευτεί».
Ο Οικονόμου καταθέτει και την άποψη του βούλγαρου γλωσσολόγου Jordan Zaimov ότι το τοπωνύμιο προέρχεται από σλάβικη λέξη που σημαίνει «είδωλο/αυτός που εύχεται στο θεό». Ωστόσο, ο Μαξ Βάσμερ, ο πιο σημαντικός μελετητής των σλάβικων τοπωνύμιων στην Ελλάδα, δεν έχει συμπεριλάβει τη «Μόλιστα» στα σλάβικα τοπωνύμια.